Welchen Fehler bekommst du eigentlich wenn du versuchst die Ordner zu löschen?
In Kommandozeilenmodus bekommst du Ordner inkl. Unterordner und Dateien übrigens mit "rd Ordnername /Q /S" weg.
Du kannst ja den Befehl mal statt den "del" Befehl ind die Rem.bat einbauen.