Man kann grundsätzlich nur von der HD booten, die als "Master" eingestellt ist. (IDE1, primär)
Die zweite HD muss aber als "Slave" gejumpert sein und ist deshalb nicht bootfähig. (IDE1, sekundär)
Das lässt sich auch nicht über die boot.ini ändern, da es hardwarebedingt ist.
Du könntest Dir einen HD-Wechselrahmen besorgen (ca.15-20?) und dann die entsprechende HD einlegen, dass würde auch die Lebensdauer der HD´s verlängern da eine ruhende Platte nicht verschleisst.
Du könntest dir auch zwei HD-Wechselrahmen besorgen und die Platten dann immer nach bedarf tauschen, so hättest Du weiterhin Zugriff auf alle Daten.
Die einfachste aber auch teuerste Lösung wäre, sich eine grössere HD zu besorgen die dann alle Bootpartitionen aufnehmen kann.
Vielleicht reicht es aber auch einfach, eine Platte für die BS´s zu nehmen und die andere für die Daten?
gruss, XPmän