Mach mit fdisk und nicht dos partitionen löschen die NTFS platt, am besten die ganze Platte, 98 kann NTFS nicht (oder nur unter Qualen) lesen.
fdisk /mbr nicht vergessen.
Hast du die korrekte Bootreihefolge im BiIOS eingestellt? Weil eben hattest Du das Bootmenü von der CD schon beschrieben, also gehts generell.
Gruß
Tobias