Waren während der Installation beide Festplatten eingebaut und stehen unter C: (beide Platten eingebaut u. PC bootet) Dateien wie z.B. die "boot.ini"?? Ist versteckt, also im Explorer "Extras" --> "Ordneroptionen" --> "Ansicht" --> "geschützte Systemdateien ausblenden" das häkchen raus.
Ansonsten, wenn eine Platte eingebaut ist sollte die als Master gejumpert sein, bei zwei logischerweise die zweite als Slave oder auf dem zweiten EIDE Port auf Master, je nach Geräten die eingebaut sind.